把滤膜放在纸巾上于室温晾干后，把滤膜（编号面朝上）放在一张保鲜膜上，并在保鲜膜上作几个不对称的标记，以使滤膜与性自显影片位置对应。
用第二张保鲜膜盖住滤膜。加光片并加上增感屏于-70℃曝光12-16小时。
底片显影后，在底片上贴一张透明硬纸片。在纸上标记阳性杂交信号的位置，同时在不对称分布点的位置上作出标记。可从底片上取下透明纸，通过对比纸上的点与琼脂上的点来鉴定阳性菌落。
原位杂交技术在其他生物领域也有广泛的应用，例如：
植物学研究：在植物学研究中，原位杂交技术可以用于检测和定位特定基因的表达，研究基因组结构和进化。此外，还可以应用于植物染色体组型分析、基因组印记研究等方面。
微生物学研究：在微生物学领域，原位杂交技术可以用于研究细菌、病毒等微生物的基因表达和定位，以及它们在环境中的分布和相互作用。例如，通过标记特异性探针，可以检测肠道微生物群落中的特定，研究其在人体健康和疾病发生中的作用。
荧光原位杂交（FISH）技术具有以下优点：
可多重染色：利用不同的荧光染料标记不同的探针，可以实现多重荧光原位杂交，从而同时检测多个序列，提高实验效率了。
高度创新性和性：FISH技术不仅可以用于研究已知基因或序列的染色体定位，还可以用于未基因或遗传标记及染色体畸变的研究，在基因定性、定量、整合、表达等方面的研究中颇具优势。